Ces médicaments qui perturbent notre microbiote intestinal

Article extrait du Bulletin d’Information en Pharmacovigilance n°3 de Nouvelle Aquitaine

Le microbiote intestinal (ou flore intestinale) est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, champignons, virus…) qui colonisent le tube digestif. Il existe une très grande variabilité de ce microbiote en fonction de l’âge, de l’alimentation, de l’ethnie. Son rôle est primordial dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique.

Un certain nombre de maladies seraient expliquées par une perturbation du microbiote (maladies intestinales inflammatoires, diabète, obésité, cancers, autisme, schizophrénie, maladies neurodégénératives).

Pour des raisons évidentes, certains antibiotiques, antiviraux et antifongiques perturbent l’équilibre de cet écosystème. On sait aussi que la pression sur le microbiote favorise la dissémination de souches bactériennes résistantes. En revanche, il est moins connu que près d’un quart des médicaments non-antibiotiques peuvent aussi perturber le microbiote (dysbiose). Dans certains cas, cette dysbiose explique certains effets indésirables observés.

Les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) : On constate, avec un délai de une semaine à un mois après l’introduction d’un IPP, une dysbiose significative avec une augmentation de la quantité de bactéries des familles des Stretococcacceae (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus) et Micrococcoceae (genus Rothia), une augmentation du Lactobacillus salivarius, et une diminution dans la famille des Clostridiaceae. L’augmentation du pH gastrique induite par les IPP favoriserait la colonisation bactérienne du tractus gastro-intestinal. Lors d’un reflux gastro-oesophagien, certaines bactéries, comme Streptococcus Pneumonia, contamineraient plus facilement les poumons, expliquant le risque augmenté de pneumopathie. Une dysbiose provoquée par l’IPP pourrait favoriser la colonisation digestive par Clostridium difficile. Les bactéries du tube digestif distal interagissent avec les cellules épithéliales du colon ; une certaine dysbiose colique peut provoquer une augmentation des leucocytes intraépithéliaux coliques et du niveau de calprotectine fécale, expliquant les colites inflammatoires qu’on observe chez certains patients sous IPP.

La metformine : Dans les 2 à 4 mois après l’introduction de la metformine, il est observé une dysbiose significative avec une augmentation de la quantité d’Escherichia et une diminution d’Intestinibacter. La metformine entrainerait une altération de la circulation entéro-hépatique des acides biliaires qui sont impliqués dans une régulation du microbiote intestinal. Ce déséquilibre expliquerait la survenue des diarrhées et douleurs abdominales qui peuvent concerner jusqu’à 30% des patients.

Les anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) : Les modifications de la composition du microbiote intestinal sont très variables selon le type d’AINS. Les AINS entrainent une perturbation de la vascularisation intestinale et une modification des marqueurs inflammatoires, ce qui impacterait en particulier le microbiote de l’intestin grêle. Par exemple, l’administration de Lactobacillus acidophilus et de Bifidobacterium adolescentis a permis d’inhiber la formation d’ulcère iléal, suggérant le rôle de la composition du microbiote intestinal dans la formation de certaines lésions intestinales induites par les AINS.

Les antipsychotiques atypiques : Le syndrome métabolique (hyperglycémie, hyperlipidémie, obésité) est un effet indésirable typique des antipsychotique de 2ème génération. Les sujets obèses ont un microbiote semblable à celui des patients traités par olanzapine ou rispéridone. L’association d’antibiotiques (neomycine, metronidazole et polymyxine) chez le rat a permis de réduire le ratio augmenté des bactéries de la famille Firmicutes et Bacteroidetes, à l’origine de la prise de poids. L’olanzapine augmente les cytokines inflammatoires IL8 et IL18, connues pour être associées à l’existence d’une résistance à l’insuline et à l’obésité. Enfin, des études ont montré l’intérêt des prébiotiques (composants alimentaires non digestibles, utiles à la croissance ou l’activité de certaines populations bactériennes intestinales) et probiotiques (micro-organismes vivants, non pathogènes, bénéfiques pour la flore intestinale) pour limiter la prise de poids chez les rats traités par antipsychotiques.

D’autres médicaments sont aussi évoqués dans la modification du microbiote intestinal : statines, opioïdes, inhibiteurs calciques, hormones thyroïdiennes, antimétabolites. La recherche dans ce domaine est encore balbutiante. L’évaluation de l’impact des médicaments sur le microbiote devrait être probablement plus approfondie lors du développement des médicaments sachant que le microbiote influence aussi la réponse aux médicaments tant sur l’efficacité que sur la survenue de certains effets indésirables.

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